光子芯片研究院的实验室由光学实验室、材料实验室和生物实验室组成，实验研究内容广泛，诸如光学全息、激光加工、光刻成像、全光学习材料、光学神经网络模型等，所涉及的设备包括飞秒激光器系统、手套箱、紫外可见分光光度计、镀膜机、蒸发仪、蒸汽灭菌器、Minflux 荧光显微镜等。
研究院由实验室负责老师与专职实验室管理员组成实验室管理团队，制定了一套较为系统的中英文实验室管理规定。学生在进入实验室开展实验研究之前，需要进行针对性的安全培训，培训考核通过后有资格进行实验室门禁申请。
同时，申请门禁时需要向研究院报备相应实验内容的《标准实验流程》、《实验风险评估表》及《实验室门禁权限申请表》。其中，《实验风险评估表》从危害识别和风险评估与控制两方面对实验风险进行量化分析。
其中，严重性评价标准细化如下：
可能性评价标准细化如下：
风险等级及可接受标准计算公式为R（Risk）＝S（Severity）×L （Likelihood）。只有实验风险值在4分以下方可开放门禁权限。
实验风险评估是发现和识别实验室内潜在风险的重要手段，通过评估可以发现潜在的事故隐患并及时采取措施，防患于未然，从而大大提高实验室安全管理效率。